Από την έκθεση της Γενικής Ελέγκτριας για το 2008 σελίδα 84:
(β) Διαχείριση Δικτύου.
Σύμφωνα με την υφιστάμενη νομοθεσία, η Υπηρεσία Περιβάλλοντος έχει την ευθύνη για τη διαχείριση των ΤΚΣ ενώ όσον αφορά τις ΖΕΠ, την ευθύνη έχει το Ταμείο Θήρας. Για την εφαρμογή των προνοιών των σχετικών Κοινοτικών Οδηγιών σε σχέση με τους ΤΚΣ και τις ΖΕΠ, έχει ολοκληρωθεί η ετοιμασία διαχειριστικών σχεδίων για δώδεκα περιοχές του Δικτύου, ενώ βρίσκεται σε εξέλιξη η ετοιμασία διαχειριστικών σχεδίων για άλλες 13 περιοχές.

Το Γραφείο Προγραμματισμού, με επιστολή του ημερ. 26.5.2008 επισημαίνει αναφορά της ΕΕ, ότι χρειάζεται λεπτομερής σχεδιασμός για την εφαρμογή των διαφόρων διαχειριστικών σχεδίων που ετοιμάστηκαν για περιοχές του Δικτύου και ότι ζητήθηκε από αυτό να παρακολουθεί τα έργα, ώστε να διασφαλιστεί ότι τα διαχειριστικά σχέδια θα υλοποιηθούν σωστά. .....